De kerk van Sint Jan de Doper (ook wel Sint Janskerk of Nieuwstadskerk genoemd) is een van de oudste van het bisdom Utrecht. De kerk is onlosmakelijk verbonden met de geschiedenis van het stadsdeel Nieuwstad.
Dat was ooit een autonome stad ten noorden van de al bestaande oude stad. Stichter was graaf Otto de Tweede (1227-1271).
In 1272 treffen we in een koopakte de eerste vermelding van de “kerk van de Heilige Maria in de Nieuwstad”. De Nieuwstads- of Sint Janskerk. Alhoewel de officiële naam sinds 1816 (na de wijding) Sint-Johannes de Doperkerk is, wordt deze weinig gebruikt.
Net als een markt behoorde een kerk tot de eerste voorzieningen van de nieuwe stad. De kerk wijdde Otto aan de maagd Maria, maar omstreeks 1561 dook ook de heilige Nicolaas als patroonheilige op. Na de reformatie werden de kerken verdeeld over de aanhangers van de nieuwe religie.
Het is een driebeukige hallenkerk met driezijdig gesloten koor en een rijzige toren van vijf geledingen met ingesnoerde naaldspits bekroond door een koepeltje.. Het middenschip is in de 14e eeuw gebouwd en heeft inwendige wandpijlers welke drie traveeën groot is.
Het smallere priesterkoor uit 1459 bestaat uit twee traveeën. De beide zijbeuken werden in de 14e en 15e eeuw gebouwd. Na de voltooiing werd het nieuwe koor van de kerk gewijd. De stad schonk ter gelegenheid hiervan een gebrandschilderd raam.
De zijbeuken zijn pas in de 14de en de 15de eeuw aangebouwd. Nadien volgden nog vier uitbreidingen van de kerk die gepaard gingen met het aanbrengen van nieuwe glasvensters. De toren van de kerk had oorspronkelijk drie geledingen en werd in 1439 verhoogd met nog eens twee. De toren is tegenwoordig 77 meter hoog en heeft een ingesnoerde naaldspits. In de toren hangen drie luidklokken uit 1443, 1465 en 1564.
In juni 1572 werd de kerk, samen met de andere godshuizen in de stad, geplunderd door de staatse en Waalse troepen van Willem van den Bergh. Zoals zovele kerktorens is ook deze niet gevrijwaard gebleven van brand, in 1606 werd de spits door een brand getroffen. Er is niet bekend hoe groot de schade was. Tijdens de Franse overheersing werd in 1809 de kerk door Lodewijk Napoleon aan de katholieken teruggegeven. In 1816 werd de kerk door de katholieke gemeenschap gewijd aan Johannes de Doper. In de zuidelijke torenmuur is de Johannesschotel ingemetseld.
Rond de kerk concentreerden zich in de loop van de tijd allerlei katholieke instanties: de pastorie in de Tengnagelshoek, het Hubertusklooster (1851) aan de Isendoornstraat, de St. Josefschool, de St. Annaschool en Mariaschool en een zorginstelling voor oude behoeftige parochianen St. Elisabeth. Bovendien werd de Dieserstraat en omgeving bevolkt door kinderrijke katholieke gezinnen. De Nieuwstad als wijk wordt ook wel het ‘klein Vaticaan’genoemd.
Sinds de zomer van 2001 is de restauratie van de kerk in volle gang. Met een forse restauratiesubsidie (4 miljoen gulden), afkomstig uit het zogeheten kanjerfonds zijn een kroon op de inspanning van Wim Laurensse.
De kerk wordt gebruikt door de parochie H.H. Twaalf Apostelen.