In 1591 werd de stad heroverd, met het noordelijk deel van het voormalig Hertogdom Gelre door Prins Maurits, het zuidelijk deel, waaronder Roermond en Venlo vervielen tot de Zuidelijke Nederlanden.

Dit luidde het begin in van een betrekkelijk lange periode van rust voor Zutphen als vestingstad en garnizoensstad, totdat in 1629 een Duits-Spaans leger opnieuw de Veluwe binnenviel en moordend rondgingen.

In 1672 (Rampjaar) werd Zutphen veroverd door het Franse leger onder Lodewijk XIV. De grote kerk werd opnieuw ingericht voor de katholieke eredienst maar werd na het vertrek van de Fransen weer teruggegeven aan de protestanten.

Kort na 1700 werd de vesting Zutphen uitgebreid naar ontwerp van Menno van Coehoorn en uitgebreid met de linies van Wambuis en van Hoorn aan het eind van die eeuw. Het werd een nieuwe gordel van lunetten en hoornwerken die de vijandelijk geschut nog verder van de stad moest houden.

Zutphen was honderden jaren ingeklemd in haar vestingwerken. De bevolking groeide gestaag van 7500 inwoners in 1795 naar meer dan 15.000 in 1860 op slechts 40 hectare grond binnen de muren. De ruimtelijke groei begon weer toen in 1874 de vesting Zutphen werd opgeheven, en de muren om de stad verwijderd konden worden. Enkele delen van de vestingwerken zijn nog zichtbaar, zoals het Bourgonje bolwerk aan de IJsselkade, ook bekend als ‘de Bult van Ketjen’.