Oorspronkelijk was op deze plek een grafelijk hof gevestigd. Er stond een zaal, die vermoedelijk onder graaf Otto II rond 1250 gebouwd is. Graaf Reinoud I van Gelre begon met de bouw van een grotere zaal, schuin daarnaast gelegen, maar moest de bouw staken, vermoedelijk door het verlies van de slag bij Woeringen (1288). In 1293 schonk Margaretha van Dampierre, de vrouw van Reinoud I van Gelre, de grond met daarop de grafelijke zaal en de onafgebouwde grotere zaal aan de Dominicaner monniken, die enkele jaren daarvoor in Zutphen waren neergestreken.

De kerk van Sint Jan de Doper (ook wel Sint Janskerk of Nieuwstadskerk genoemd) is een van de oudste van het bisdom Utrecht. De kerk is onlosmakelijk verbonden met de geschiedenis van het stadsdeel Nieuwstad.

De Walburgis-kerk in Zutphen is een van de mooiste kerken van Nederland. Rond 1050 is men begonnen met de bouw van De kerk in haar huidige vorm. Er heeft daarvoor op dezelfde plek een andere kerk gestaan.  Tweehonderd jaar later is hij grondig verbouwd, waarbij hij zijn huidige vorm en omvang bereikte.

Al in 1530 zijn er binnen de stadsgrenzen van Zutphen Lutheranen. Er zijn helaas geen namen van hen bekend en gaan door het ontbreken hiervan onder in anonimiteit. In het voorjaar van 1693 kreeg de kerkenraad van de Lutherse kerk in Zutphen, die toen al een tiental jaren bestond, toestemming van de magistraat om in de Beukerstraat een boerderij aan te kopen en te verbouwen tot kerkgebouw. Een jaar later - de verbouwing werd wat vertraagd door een strenge winter, kon de kerk feestelijk in gebruik genomen worden.

Al in de middeleeuwen bestond er in Zutphen een kleine Joodse gemeenschap. Aan het eind van de achttiende begin negentiende eeuw nam het aantal Joodse inwoners van Zutphen sterk toe omdat iedereen zich toen vrij kon vestigen en was er sprake van een volwaardige Joodse gemeenschap.