Aangezien Zutphen op een hoger gelegen gebied tussen IJssel en Berkel lag, was het een goede vestigingsplaats waar de graven van Zutphen hun verblijfplaats hadden gebouwd. In de 12e eeuw maakten de graven van Gelre een aanvang met de verlening van stadsrechten. 

De residentie van de graven kregen uiteindelijk in 1190 (feitelijk tussen 1191 en 1196), stadsrechten.

De verkregen stadsrechten dienden als basis voor de rechten die later werden verleend aan onder andere de Gelderse steden Arnhem, Doesburg, Doetinchem, Harderwijk, Lochem en Hattem.

De stad werd ommuurd in de 13e eeuw en uitgebreid met de in diezelfde eeuw door de graaf gestichte Nieuwstad.

1284 was een rampjaar voor de stad. Een grote stadsbrand verwoestte de stad grotendeels. Na opbouw braken er betere tijden aan. Voor Zutphen staat de 14e eeuw bekend als Gouden Eeuw en werd hoofdstad van de Graafschap Zutphen. De stad neemt dan deel aan de Oostzeehandel.