Deze locatie lag goed op de kaart bij de kooplieden, en Zutphen groeide snel en werd een van de Hanzesteden. Tussen 1191 en 1196 kreeg Zutphen stadsrechten toegewezen door graaf Otto van Gelre (1181-1207). Veel Gelderse steden (waaronder Arnhem, Doesburg, Doetinchem, Harderwijk, Lochem en Hattem) ontleenden hun later verleende stadsrechten aan die van Zutphen.

De stad werd ommuurd in de 13e eeuw en uitgebreid met de in de 13e eeuw door de graaf gestichte Nieuwstad. In 1284 en 1336 vonden in Zutphen grote stadsbranden plaats.
Dit had tot gevolg dat de rijke stad in snel tempo ‘versteende’. Huizen werden met stedelijke subsidies in baksteen gebouwd.
Vele tientallen huizen dateren nog van kelder tot kap uit de 14e eeuw. Zutphens gouden eeuw was de 14e eeuw. Zutphen werd de hoofdstad van de Graafschap Zutphen.
De stad nam onder meer deel aan de Oostzeehandel, was vanaf de 13e eeuw lid van de Hanze en had meerdere handelsfactorijen aan de Sont. In de Rijnhandel was de stad zeer actief dankzij diverse tolvrijheden.