Tachtigjarige Oorlog
De 16e eeuw bracht moeilijke tijden voor Zutphen door de opkomst van andere steden en de Tachtigjarige Oorlog met de Spanjaarden. Na de roerige Gelderse oorlogen in de eerste decennia van de 16e eeuw werden de vestingwerken van Zutphen gemoderniseerd. Toch mocht dit niet baten. Op 17 november 1572 werd de stad door de Spanjaarden onder Don Frederique, de zoon van de hertog van Alva, ingenomen nadat graaf Willem van den Berg de stad in juni van dat jaar had ingenomen. Er volgden jaren van wisselende bezetting en belegeringen. Het grootste deel van de bevolking was weggetrokken of vermoord.
In 1586 vind de Slag bij Zutphen plaats, een grote confrontatie tussen protestantse Nederlandse burgers, geholpen door Engelse soldaten tegen de katholieke en Spaanse bezetters. De slag ging aan de Spanjaarden, niet in de laatste plaats vanwege het belabberde militaire leiderschap van Dudley, wiens officieren Stanley en York overigens een dubieuze rol speelden door niet alleen de Schans voor Zutphen aan de Spanjaarden over te dragen, maar later ook de stad Deventer.

De Engelsen, een ongeveer 6000 man tellend contingent onder aanvoering van Robert Dudley, de eerste graaf van Leicester, waren na de moord op Willem van Oranje, op verzoek van de Nederlandse Staten-Generaal door hun koningin Elisabeth I het Kanaal overgestuurd om te helpen bij het tot staan brengen van de Spaanse opmars, zij het zonder noemenswaardig succes.

Sir Philip Sidney, die gedurende de slag dodelijk verwond raakte en korte tijd later aan de gevolgen daarvan in Arnhem bezweek. Hij werd niet ouder dan 32 jaar, maar was in zijn vaderland reeds dermate geliefd, dat er na zijn dood een cult rond zijn persoon zou ontstaan en dat koningin Elisabeth zich liet ontvallen dat zij het leven van Sir Philip "terug zou willen kopen met vele miljoenen." Met betrekking tot de Slag bij Zutphen gaat er een verhaal over hem (bedoeld als illustratie van zijn nobele karakter), dat hij zijn waterfles aan een andere gewonde soldaat zou hebben gegeven met de woorden: "Thy necessity is greater than mine" ("Uw nood is groter dan de mijne").

De uit Wales afkomstige huurling Roger Williams werd voor zijn prestaties tijdens de slag door Dudley geridderd.